Emiya Shirou là một pháp sư trẻ tuổi đang theo học tại Học viện Homurahara ở thành phố Fuyuki. Một ngày nọ, sau khi dọn dẹp Trường đào tạo Bắn cung ở trường, anh ta bắt gặp một cuộc chiến giữa các sinh vật siêu nhân, và anh ta tham gia Chiến tranh Chén Thánh, một nghi lễ mà các pháp sư gọi là Master đã đánh nhau với Servant của mình để giành Chén Thánh. Shirou tham gia trận đấu để ngăn chặn một người bất lương từ chiến thắng Chén Thánh và để cứu những người vô tội, nhưng mọi thứ đã sai lầm khi một Shadow huyền bí bắt đầu giết người một cách bừa bãi ở Fuyuki …